نام مبارک امام پنجم محمّد بود. لقب آن حضرت باقر یا باقرالعلوم است، بدین جهت که: دریای دانش را شکافت و اسرار علوم راآشکارا ساخت. القاب دیگری مانند شاکر و صابر و هادی نیز برای آن حضرت ذکر کرده اند که هریک باز گوینده صفتی از صفات آن امام بزرگوار بوده است.
کنیه امام "ابو جعفر" بود. مادرش فاطمه دختر امام حسن مجتبی (ع) است. بنابراین نسبت آن حضرت از طرف مادر به سبط اکبرحضرت امام حسن (ع) و از سوی پدر به امام حسین (ع) می رسید. پدرش حضرت سیدالساجدین، امام زین العابدین، علی بنالحسین (ع) است . تولد حضرت باقر (ع) در روز جمعه سوم ماه صفر سال 57 هجری در مدینه اتفاق افتاد.
در واقعه جانگداز کربلا همراه پدر و در کنار جدش حضرت سید الشهداء کودکی بود که به چهارمین بهار زندگیش نزدیک می شد. دوران امامت امام محمد باقر (ع) از سال 95 هجری که سال شهادت امام زین العابدین (ع) است آغاز شد و تا سال 114 هجری یعنی مدت سال و چند ماه ادامه داشته است.19
در دوره امامت امام محمد باقر (ع) و فرزندش امام جعفر صادق (ع) مسائلی مانند انقراض
امویان و بر سر کار آمدن عباسیان و پیدا شدن مشاجرات سیاسی و ظهور سرداران و مدعیانی مانند ابوسلمه خلال و ابومسلمخراسانی و دیگران مطرح است، ترجمه کتابهای فلسفی و مجادلات کلامی در این دوره پیش می آید، و عده ای از مشایخ صوفیه وزاهدان و قلندران وابسته به دستگاه خلافت پیدا می شوند. قاضیها و متکلمانی به دلخواه مقامات رسمی و صاحب قدرتان پدید می آیند و فقه و قضاء و عقاید و کلام و اخلاق را - بر طبق مصالح مراکز قدرت خلافت شرح و تفسیر می نماید و تعلیمات قرآنی - به ویژه مسأله امامت و ولایت را، که پس از واقعه عاشورا و حماسه کربلا، افکار بسیاری از حق طلبان را به حقانیت آل علی (ع) متوجه کرده بود و پرده از چهره زشت ستمکاران اموی و دین به دنیا فروشان برگرفته بود، به انحراف می کشاندند و احادیث نبوی را در بوته فراموشی قرار می دادند. برخی نیز احادیثی به نفع دستگاه حاکم جعل کرده و یا مشغول جعل بودند و یا آنها را به سود ستمکاران غاصب خلافت دگرگون می نمودند. اینها عواملی بود بسیار خطرناک که باید حافظان و نگهبانان دین در برابر آنها بایستند. بدین جهت امام محمد باقر (ع) و پس از وی امام جعفر صادق (ع) از موقعیت مساعد روزگار سیاسی، برای نشر تعلیمات اصیل اسلامی ومعارف حقه بهره جستند و دانشگاه تشیع و علوم اسلامی را پایه ریزی نمودند. زیرا این امامان بزرگوار و بعد شاگردانشان وارثان ونگهبانان حقیقی تعلیمات پیامبر (ص) و ناموس و قانون عدالت بودند و می بایست به تربیت شاگردانی عالم و عامل و یارانی شایسته و فداکار اهتمام می ورزیدند، و فقه آل محمد (ص) را جمع و تدوین و تدریس کنند. به همین جهت محضر امام باقر (ع) مرکز علماء ودانشمندان و راویان حدیث و خطیبان و شاعران بنام بود.
دانش امام باقر علیه السلام نیز همانند دیگر امامان از سر چشمه وحى بود، آنان آموزگارى نداشتند و در مکتب بشرى درس نخوانده بودند، «جابر بن عبد الله» نزد امام باقر (ع) مى آمد و از آنحضرت دانش فرا مىگرفت و به آن گرامى مکرر عرض مى کرد: اى شکافنده علوم! گواهى مىدهم تو در کودکى از دانشى خداداد برخوردارى.
در مکتب تربیتی امام باقر (ع) علم و فضیلت به مردم آموخته می شد. ابوجعفر امام محمد باقر (ع) متولی صدقات حضرت رسول(ص) و امیرالمؤمنین (ع) و پدر و جد خود بود و این صدقات را بر بنی هاشم و مساکین و نیازمندان تقسیم می کرد، و اداره آنها را ازجهت مالی به عهده داشت. امام باقر (ع) دارای خصال ستوده و مؤدب به آداب اسلامی بود. سیرت و صورتش ستوده بود. پیوسته لباس تمیز می پوشید. در کمال وقار و شکوه حرکت می فرمود:
امام پنجم (ع) بسیار گشاده رو و با مؤمنان و دوستان خوش برخورد بود. با همه اصحاب مصافحه می کرد و دیگران را نیز بدین کارتشویق می فرمود. در ضمن سخنانش می فرمود:
مصافحه کردن کدورتهای درونی را از بین می برد و گناهان دو طرف - همچون برگ درختان در فصل خزان – میریزد.
